Hava Harp Okulu teşkilat yapısı, Milli Savunma Bakanlığı, Milli Savunma Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olarak Uçuş ve Askeri Eğitim faaliyetlerinin yürütüldüğü ve yönetildiği HHO Komutanlığı ile akademik eğitim-öğretim faaliyetlerinin yürütüldüğü ve yönetildiği HHO Dekanlığından müteşekkildir.